Outre l’enceinte et les bâtiments annexes, le complexe dut initialement comporter une sépulture sous la forme d’un mastaba classique. L’architecte fit preuve d’innovation en composant intégralement l’édifice en pierre calcaire. C’est le premier monument entièrement édifié en pierre de taille. 

Imothep décida ensuite d’étendre la base du monument sur les quatre côtés, le rajout étant légèrement plus bas que le toit du premier mastaba. Le mastaba fut ensuite agrandi une deuxième fois mais cette fois-ci seulement sur son côté est. Onze puits furent alors creusés au niveau de cette portion supplémentaire. Leur profondeur atteint les trente-trois mètres. Ils donnent chacun sur une galerie creusée à l’horizontale et s’étendant sur une vingtaine de mètres. 

Les cinq premières galeries furent destinées à ensevelir des membres de la famille royale. Elles furent pillées dès l’Antiquité mais il reste encore deux sarcophages d’albâtre de belle facture. De nombreux fragments de cercueil, de vaisselles et de bijoux ont été retrouvés mais la plus importante découverte fut effectuée dans les six autres galeries encore inviolées. Des dizaines de tonnes de vaisselles et de poteries datant des deux premières dynasties remplissaient complètement les galeries.

À la suite de l’achèvement du mastaba, l’architecte imagina une sépulture aux dimensions plus ambitieuses et à la symbolique issue à la fois du culte solaire et de la conception de l’au-delà des anciens égyptiens. Un escalier permettant au pharaon d’accéder au monde divin était désormais figuré par une pyramide à quatre gradins, de forme oblongue, enveloppant totalement le mastaba initial. Elle fut agrandie deux fois atteignant les dimensions colossales pour l’époque de 62 mètres de hauteur et 121 mètres sur 109 mètres pour la base.

Les onze puits ont été creusés durant la dernière extension du mastaba. Quant au puits central et son réseau annexe, une descenderie creusée dans la roche en permettait l’accès depuis les abords de la face nord de la pyramide. Le caveau fut entièrement construit en granit rose originellement clos par un bouchon de 3,5 tonnes. Le caveau fut trouvé vide, la pyramide ayant été violée dès la haute Antiquité. L’égyptologue allemand, Lepsius, au XIXe siècle, découvrit dans les galeries situées à l’est du caveau, deux chambres dites bleues car leurs parois étaient recouvertes de plaquettes en faïence bleue, disposées de manière à imiter les roseaux. On put y voir aussi trois bas-reliefs de calcaire représentent le roi officiant dans des cérémonies religieuses. Deux autres chambres similaires furent découvertes plus tard. Il est probable que l’ensemble des galeries fut destiné à accueillir de telles décorations et que l’œuvre resta inachevée. Les galeries firent office de sépultures pour des membres de la famille royale. Les six autres galeries furent seulement découvertes au début du XXe siècle et avaient échappé aux pilleurs. Elles contenaient des dizaines de milliers de poteries et de vases en pierre taillée dont une grande partie est maintenant restaurée.